商标局收到注册商标转让申请后，将会对转让申请进行审查，但内容仅限于注册商标转让申请中所显示的内容，并不包括对商标转让合同的审查。
双方当事人因商标转让合同发生的纠纷属于民事纠纷。《商标法》也没有赋予商标主管机关可以调解或解决商标转让纠纷的职能，故商标局或商评委不受理双方当事人有关转让合同的纠纷。双方当事人解决合同纠纷的途经只能选择诉讼或依据合同约定进行仲裁。
商标局对商标转让申请审查的主要内容包括:
第一，转让人的主体资格审查，即转让人是否为商标注册人，在实践中通常表现为申请书上填写的转让人与商标局档案记录的商标注册人名义是否相符;
第二，商标权权利状态审查，即转让商标应当依法注册并处于有效期限内，或者处于申请中，不存在禁止转让的情形，具体包括转让商标已注销、己被商标局或者商评委撤销、已被人民法院或者其他执法机关采取查封等强制措施、已办理过质押登记具转让行为未取得质权人同意等;
第三，一并转让原则的审查，即审查商标注册权人是否对其在同一种或者类似商品上己注册或著申请中的相同或者近似的商标一并转让，未一并转让的，由商标局通知其限期补正，期满不补正的，视为放弃转让该注册商标的申请，商标局书面通知申请人;
第四，不良影响的审查，即《商标法实施条例》第25条所规定，对商标转让后可能产主误认、混淆或者其他不良影响的转让注册商标申请，商标局不予核准，书面通知申请人并说明理由。
商标转让采取的措施有哪些
此外，国家工商行政管理总局商标局2005年11月出台新措施完善程序从严审核商标转让，将重点审查商标转让申请书及商标转让协议书上的印章和签名，采取的措施具体包括:
第一， 将商标转让申请书上转让人使用的印章或签字，与办理商标注册申请时使用的印章或签字进行核对;
第二， 对印章明显不符的，要求转让人必须说明印章变更情况，提供印章管理部门出具的证明，并提供转让人的经年捡有效的营业执照副本复印件(加盖章戳)和转让双方申请人签订的转让协议；
第三， 对签字明显不符的，要求转让人必须说明情况，并提供转让人的有效证件(签字)和转让双方申请人签订的转让协议;
第四， 对印章或签字明显不符的向申请人发出《转让申请补正通知书)，要求申请人必须在收到通知书之日起30日内(不含往返邮程)按有关要求补正，未在规定期限内补正的，商标局将视为申请人放弃补正，驳回其转让申请。
