在商标维权与管理工作中，部分企业由于不重视商标档案管理，出现了一系列问题。有的企业不注意保管与商标有关的各类证书文件，想申报绿色食品等相关认证时，因找不到商标注册证，无法办理申报手续。还有部分企业不注意保管商标使用的证明材料，不重视收集保管企业产品的包装、装潢设计图样，印刷、使用等相关资料，不重视收集保存与企业有关的广告、宣传报道，想维权时才发现证据不足。
企业应指定专人专职或兼职管理商标档案，分门别类收集整理商标档案文件，重点保管好以下档案。
1、商标证件档案
收集商标注册证、核准续展注册证明等文件。商标注册事项涉及变更的，既要收集变更商标注册证明，又要收集相关变更的法律文书。商标是受让取得的，要保存转让证明。如果有必要，可向商标局申请重发商标注册证明。对上述证件，应按照时间顺序、商标核定使用类别建立台账；相关证件出借时要及时登记，并及时归档，防止丢失。
2、商标使用档案
收集企业使用商标的产品包装、装潢设计稿，设计费用支付凭证；收集与印刷企业签订的包装、装潢印刷合同、支付票据复印件；收集产品使用包装、装潢样张及实物照片。如果企业开辟新市场，要注意保存第一次销售的证明。企业销售票据上的货物名称等项目应尽可能标明商标名称，有必要时可复制销售票据。对企业参加的会展活动，应采用拍照、摄像等方式保存相关资料。如果许可他人使用注册商标，要签订书面合同，及时将合同副本报送商标局备案，并收集归档。
3、商标广告档案
出现企业商标的报纸、电视、户外广告，要及时收集归档。发布广告的合同、刊登广告的报纸原件、影像资料及户外广告照片，要按时间顺序整理归档，还要注意复制相关广告费用支付的票据。
4、商标宣传档案
报纸、电视台等相关媒体对企业进行的宣传报道，应按照时间顺序整理成册，影像资料应刻录为光盘保存。
5、商标荣誉档案
企业要收集自己获得的荣誉证书或表彰文件，牌匾可拍成照片归档。
6、商标保护档案
商标在申请注册过程中，如果经历异议或争议程序，要收集归档相关异议、争议的裁定书。企业开展打假维权工作时，要注意保存各级司法机关、行政执法机关对企业商标等知识产权予以保护的法律文书原件。
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